Белгородский областной художественный музей
Брянский областной художественный музей
Бурятский республиканский художественный музей им. Ц.С. Сампилова. Улан-Удэ.
Волгоградский областной музей изобразительных искусств
Вологодская областная картинная галерея
Вятский областной художественный музей им. В.М. и А.М. Васнецовых
Государственная Третьяковская галерея. Москва
Государственное музейное объединение «Художественная культура Русского Севера». Архангельск
Государственный Владимиро-Суздальский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник.
Государственный музей искусств народов Востока. Москва
Государственный Исторический музей. Москва
Государственный музей изобразительных искусств им. А.С. Пушкина. Москва
Государственный музей искусств Грузии. Тбилиси.
Государственный музей-заповедник «Ростовский кремль». Ростов Великий
Государственный Русский музей. Санкт-Петербург
Государственный художественный музей Алтайского края. Барнаул
Государственный художественный музей «Царскосельская коллекция». г. Пушкин Ленинградской обл.
Егорьевский историко-художественный музей. Егорьевск МО
Екатеринбургский музей изобразительных искусств
Калининградский областной историко-художественный музей.
Калужский музей изобразительных искусств.
Красноармейская муниципальная картинная галерея. Красноармейск МО
Красноярский областной художественный музей им. В.Сурикова
Курский музей изобразительных искусств им. А.Дейнеки
Музей Военной истории Тульского края. Тула.
Музейно-выставочный комплекс «Новый Иерусалим». Истра МО
Музейное объединение «Музей Москвы»
Музейное объединение «Тульский музей изобразительных искусств»
Муниципальная картинная галерея г. Костромы
Мурманский областной художественный музей
Национальная галерея Республики Коми. Сыктывкар
Нижнетагильский музей изобразительных искусств.
Омский областной музей изобразительных искусств им. М.А. Врубеля
Оренбургский областной музей изобразительных искусств
Пензенская картинная галерея им. К.А. Савицкого
Переславль-Залесский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник
Рязанский государственный областной художественный музей им. И. Пожалостина
Сахалинский областной художественный музей. Южно-Сахалинск
Серпуховский историко-художественный музей. Серпухов МО
Солнечногорский «Путевой дворец». Солнечногорск МО
Тверская областная картинная галерея
Тольяттинский художественный музей
Томский областной художественный музей
Тульский музей изобразительных искусств
Ульяновский областной художественный музей
Художественная галерея «LES OREADES». Москва
Череповецкое музейное объединение.
Чувашский государственный художественный музей. Чебоксары.
Ярославский художественный музей
Произведения Б.П. Чернышёва находятся также в частных художественных коллекциях Москвы, Петербурга, Воронежа и др., а также в собраниях художественных галерей «Ковчег», «ГРОСарт», в коллекции Юни Кредит банка.
Имеются произведения Б.П. Чернышёва и в частных художественных собраниях за рубежом - в Австрии, Англии, Франции, Италии, Испании, США, Эквадоре и других странах.